В 2001 году Михайловский театр вернул себе историческое имя, в 2007 — славу самого светского музыкального театра Петербурга. Сегодня театр, сохраняя верность вековым традициям российского музыкального театра, стремится держать руку на пульсе современного мирового театрального процесса.

По инициативе и на личные средства нового директора Михайловского театра В.А. Кехмана в рекордно короткие сроки был произведен ремонт здания. Возрожденное парадное убранство зала и зрительской части позволяет зрителям комфортно проводить время в театре. Меценатский проект В.А. Кехмана положил начало значительным изменениям в творческой жизни театра: в 2007 году по приглашению генерального директора пост художественного руководителя балета занял народный артист России Фарух Рузиматов, оперную труппу возглавила звезда мировой сцены Елена Образцова.

С июня 2009 года началось тесное сотрудничество Михайловского театра и знаменитого европейского музыканта Петера Феранеца , который до декабря 2011 года занимал пост музыкального руководителя и главного дирижёра театра. С 1 января 2012 года на эту должность был приглашён Михаил Татарников.

С октября 2009 года балетную труппу театра возглавлял Михаил Мессерер , один из самых известных и востребованных балетных педагогов в мире, начавший свое сотрудничество с театром в качестве главного балетмейстера. С 1 декабря 2011 года он занимает пост главного приглашённого балетмейстера театра.

1 января 2011 года приступил к работе новый художественный руководитель балетной труппы знаменитый испанский хореограф Начо Дуато.

В настоящее время Фарух Рузиматов и Елена Образцова продолжают свое сотрудничество с Михайловским театром в качестве советников генерального директора по художественным вопросам.

Залогом успеха и качества спектаклей текущего репертуара является работа педагогов-репетиторов: Алла Осипенко, Евгений Попов, Светлана Ефремова и многие другие прославленные артисты делятся собственным опытом и секретами мастерства с молодыми солистами театра.

В театре регулярно проводятся балетные мастер-классы ведущих педагогов Европы и Америки. С балетной труппой Михайловского театра работали Сирил Атанасофф, Дженнифер Губэ, Жильбер Майер.

Приоритеты репертуарной политики Михайловского театра — классические шедевры отечественного и зарубежного музыкального театра. Особый акцент делается на важнейших произведениях европейского оперного и балетного театра XIX-XX века, до сих пор не представленных на российской сцене. Значительное внимание уделяется расширению детского репертуара театра.